Pisana historia wsi Wrzesina, położonej w podolsztyńskiej gminie Jonkowo, znana jest od 1352 r. z przywileju lokacyjnego wydanego przez kapitułę warmińską. Zachowany do dziś kościół powstał w XV w. w miejscu wcześniejszego, który uległ zniszczeniu. Konsekracji świątyni dokonał w 1500 r. biskup warmiński Jan Wilde.
Budowlę w stylu późnogotyckim wzniesiono w dolnej części z łamanego kamienia, a od poziomu ław okiennych – z czerwonej cegły. Kwadratową wieżę dobudowano do świątyni na początku XVIII w. W przyziemiu jest ona murowana, wyżej zaś drewniana.

Kościół doznał znacznych zniszczeń podczas wojen w końcu XVII i na początku XIX w. Gruntowny remont przeszedł na początku XVIII i w II połowie XIX w. Data zakończenia tego drugiego (1870 r.) widnieje na chorągiewce wieńczącej wieżę. Kolejne prace konserwatorskie prowadzono w latach 30. XX w.

We wnętrzu świątyni zachowało się bogate, barokowe wyposażenie. Na szczególną uwagę zasługuje mansardowy ołtarz główny, datowany na lata 1715-20, z obrazem św. Marii Magdaleny, oraz dwupoziomowe ołtarze boczne. Na drewnianym sklepieniu widnieje barokowa polichromia. Na ścianach, pod warstwą tynku, odkryto pozostałości gotyckich fresków.