Niewielką kaplicę jerozolimską (na planie prostokąta około 8 na 6 m) wzniesiono w II połowie XVI w. i należy ona do najstarszych zabytków zachowanych w mieście. Dokładna data jej budowy nie jest znana, natomiast pierwsza wzmianka o niej pochodzi z 1565 r. Świątynia została poświęcona kultowi Męki Pańskiej.

Do XVII w. kaplica stanowiła ośrodek wsparcia duchowego dla pacjentów pobliskiego szpitala św. Jerzego cierpiących na choroby zakaźne. Na pobliskim cmentarzu chowano wówczas ofiary epidemii. W 1609 r. świątynię przebudowano, następnie w 1775 ją odrestaurowano. Kaplicę remontowano jeszcze kilkakrotnie, a ostatnia renowacja miała miejsce w latach 2008-09.

Wewnątrz budowli znajduje się ołtarz z rzeźbą pochodzącą z około 1510 r. przedstawiającą scenę ukrzyżowania Chrystusa. Obok świątyni, w niewielkim ogródku postawiono krzyż upamiętniający ofiary epidemii cholery z 1866 r. Kaplica jerozolimska jest jedynym obiektem sakralnym w Olsztynie, w którym organizowane są msze dla osób niesłyszących.