Флаг является одним из самых важных символов города Ольштын. Это лоскут голубой материи прямоугольной формы. В верхней части флага, ближе древка, виднеется раковина в желтого цвета, а в нижней части во всю бежит волнистый пояс белого цвета. Эти цвета не случайны, они соответствуют цветовой гамме городского герба. Белый является цветом герба и одежд святого Якова, покровителя города, голубой- цветом гербового щита, а желтый других элементов герба: трости, нимба и раковины. Раковина занимает особое место в символике флага Ольштына. Это не только характерный знак, выделяющий его на фоне других городских флагов, но также символ паломников к местам святого Якова.  Раковина к тому же является знаком паломничества на международном Пути святого Якова и видна на его разметке. Волнистый пояс в нижней части флага это ссылка на расположение Oльштына над рекой Лына. Дизайн флага был создан после первых выборов местного самоуправления в 1990 г. Его автором является Яцек Скорупски.